Většího zásahu se malý mokřad dočkal v roce 1992, kdy se kosená plocha zvětšila. V následujícím roce byl zredukován porost vrb.
V roce 1994 s nástupem křovinořezu na Hutě poprvé padl hustý porost rákosu, který dusil Malý mokřad od severu. Z téhož směru zároveň postupovala sekačka a došlo tak ke slavnému spojení Velkého sadu s jižní částí rezervace Hutě horní cestou přes Malý mokřad.
V dalším roce došlo k dalšímu propojování, konkrétně horní části Velkého sadu s Malým mokřadem. V propojení rostou vzácné druhy škarda ukousnutá a hadilka obecná (foto), již zmíněné u Velkého sadu.
Ve své pohnuté historii přežil Malý mokřad i dva zapadlé traktory ZETOR, a to beze škod na jeho druhovém bohatství. Trvalým ohrožením je však stále velká produkce biomasy, na níž se bohužel asi podílí i tlející, již neobnovovaná hromada biomasy ve vrbovém křoví nad Malým mokřadem. Nadbytečné živiny podporující růst se zde asi uvolňují a dostávají se do plochy spolu s vodou. Zásluhou pravidelného kosení však velká biomasa neničí drobnější druhy spodního vegetačního patra. Hojně se zde vyskytuje např. citlivější světlomilný prameništní mech vlahovka vápnomilná (foto)